ShuiEro ... from vague up to sometimes ;) crystal clear drop by drop ...

Genomes are typically mosaics of regions with different evolutionary histories. When speciation events are closely spaced in time, recombination makes the regions sharing the same history small, and the evolutionary history changes rapidly as we move along the genome. When examining rapid radiations such as the early diversification of Neoaves 66 Mya, typically no consistent history is observed across segments exceeding kilobases of the genome. Here, we report an exception. We found that a 21-Mb region in avian genomes, mapped to chicken chromosome 4, shows an extremely strong and discordance-free signal for a history different from that of the inferred species tree. Such a strong discordance-free signal, indicative of suppressed recombination across many millions of base pairs, is not observed elsewhere in the genome for any deep avian relationships. Although long regions with suppressed recombination have been documented in recently diverged species, our results pertain to relationships dating circa 65 Mya. We provide evidence that this strong signal may be due to an ancient rearrangement that blocked recombination and remained polymorphic for several million years prior to fixation. We show that the presence of this region has misled previous phylogenomic efforts with lower taxon sampling, showing the interplay between taxon and locus sampling. We predict that similar ancient rearrangements may confound phylogenetic analyses in other clades, pointing to a need for new analytical models that incorporate the possibility of such events.

Genome sind in der Regel ein Mosaik aus Regionen mit unterschiedlicher Evolutionsgeschichte. Wenn die Ereignisse der Artbildung zeitlich eng beieinander liegen, macht die Rekombination die Regionen, die dieselbe Geschichte haben, klein, und die Evolutionsgeschichte ändert sich schnell, wenn wir uns entlang des Genoms bewegen. Bei der Untersuchung schneller Ausbreitungen wie der frühen Diversifizierung von Neoaves (66 Mya) wird in der Regel keine konsistente Geschichte in Segmenten beobachtet, die mehr als ein Kilobase des Genoms umfassen. Hier berichten wir über eine Ausnahme. Wir fanden heraus, dass eine 21-Mb-Region in Vogelgenomen, die auf dem Hühnerchromosom 4 kartiert ist, ein extrem starkes und diskordanzfreies Signal für eine Geschichte zeigt, die sich von der des abgeleiteten Artenbaums unterscheidet. Ein solch starkes diskordanzfreies Signal, das auf eine unterdrückte Rekombination über viele Millionen Basenpaare hinweg hindeutet, wird an keiner anderen Stelle im Genom für irgendwelche tiefgreifenden Vogelbeziehungen beobachtet. Obwohl lange Regionen mit unterdrückter Rekombination bei kürzlich divergierten Arten dokumentiert wurden, beziehen sich unsere Ergebnisse auf Beziehungen, die auf etwa 65 Mya zurückgehen. Wir weisen nach, dass dieses starke Signal auf eine uralte Umlagerung zurückzuführen sein könnte, die die Rekombination blockierte und vor der Fixierung mehrere Millionen Jahre lang polymorph blieb. Wir zeigen, dass das Vorhandensein dieser Region frühere phylogenomische Bemühungen mit einer geringeren Taxonauswahl in die Irre geführt hat, was das Zusammenspiel zwischen Taxon- und Locusauswahl zeigt. Wir gehen davon aus, dass ähnliche uralte Umlagerungen phylogenetische Analysen in anderen Stämmen beeinträchtigen könnten, was auf die Notwendigkeit neuer Analysemodelle hinweist, die die Möglichkeit solcher Ereignisse einbeziehen.